Après avoir subi un grand nombre d’examens médicaux et autres tests cognitifs, Tetsuo parvient à s’enfuir de l’hôpital. Il a entre-temps entendu parler d’un certain “Akira” dont il lui tarde de faire la connaissance. De leur côté, Kaneda et Kei essaient de s’échapper du complexe militaire où ils ont été faits prisonniers. Mais un groupe clandestin de guérilla tente alors de mettre à jour les secrets détenus par l’armée…
2030. Néo-Tokyo est devenue une gigantesque poubelle hi-tech. Tetsuo, Kanéda et leur bande de jeunes du centre d'insertion et d'apprentissage professionnel foncent dans la nuit sur des motos volées, sans autre but que de repousser toujours plus loin les limites du speed. Quand ils croisent un drôle de petit garçon au visage de vieillard, leur premier réflexe est de l'agresser mais cette créature perdue possède un étrange moyen de défense... Ils viennent de faire connaissance avec le n°26 et de franchir, sans s'en rendre compte, la première étape d'un processus irréversible : le réveil d'Akira...