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Joseph se rend au Japon pour retrouver son petit fils, Jotaro, qu’il n’a pas vu depuis des années. Ce dernier a développé d’étranges pouvoirs qu’il utilise pour se faire un nom chez les voyous. Joseph lui explique qu’il s’agit d’un Stand, une sorte de matérialisation de son esprit combatif, possédant des capacités propres à chacun. Après ces retrouvailles mouvementées, Joseph révèle à son petit fils que Dio, le terrible vampire qui s’était opposé à leur ancêtre, est toujours de ce monde et veut en découdre avec la lignée des Joestar...
Joseph, Jotaro et leurs compagnons partent en bateau vers l’Egypte. Commence alors une course contre la montre pour vaincre Dio qui, en plus de son nouveau pouvoir, a sous ses ordres toute une armée de soldats qui possèdent leurs propres Stands...