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Le corps d’un homme avec un trou dans la poitrine et flottant dans les airs en plein quartier de Shinjuku : une mort violente et mystérieuse. Huit ans plus tard, Yodomi Arakawa, le fils de la victime, a enfin retrouvé une vie normale, jusqu’au jour où il reçoit un étrange paquet à l’intention de son père. En l’ouvrant, le jeune homme s’évanouit. Quelques instants plus tard, Yodomi se réveille avec le pouvoir de devenir invisible et il fait la connaissance d’un crâne doué de parole. Ce dernier dit s’appeler Yamamoto et se révèle être le responsable de la mort de son père…
La CIAS veut renforcer son potentiel en étudiant les facultés des os avec l'aide de Yodomi. Pendant ce temps, la compagnie des Gygès se livre à des tueries de masse. La CIAS ne parvient pas à mettre fin aux massacres aux quatres coins du pays. Toutefois, la clé qui permettrait de découvrir le but et les méthodes des mystérieux Gygès pourrait se trouver dans le passé de Shôko Yoroibata. Les combats entre skeletons prennent également une nouvelle ampleur. Quelle sera la réponse finale de Yodomi ?