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Le corps d’un homme avec un trou dans la poitrine et flottant dans les airs en plein quartier de Shinjuku : une mort violente et mystérieuse. Huit ans plus tard, Yodomi Arakawa, le fils de la victime, a enfin retrouvé une vie normale, jusqu’au jour où il reçoit un étrange paquet à l’intention de son père. En l’ouvrant, le jeune homme s’évanouit. Quelques instants plus tard, Yodomi se réveille avec le pouvoir de devenir invisible et il fait la connaissance d’un crâne doué de parole. Ce dernier dit s’appeler Yamamoto et se révèle être le responsable de la mort de son père…
Afin de découvrir la vérité sur la mort de son père, Yodomi s'est proposé de coopérer avec la CIAS. Lors d'un combat amical contre Tachibana, le jeune homme utilise le pouvoir des os qu'il a appris en affrontant le vieux Heiji Kunikumo. La puissance dont il rêve depuis qu'il est la cible des moqueries de ses camarades de classe se matérialise sous les yeux ébahis du personnel de la CIAS. Mais Yodomi remportera-t-il le combat ? Après cet affrontement, il va faire l'objet de recherches dans le laboratoire souterrain de la CIAS qui étudie les facultés des os. Yodomi fait alors la connaissance d'un agent quelque peu particulier...