Xavier et ses quatre amis d’enfance mènent une vie tranquille à Bourg Croquis. Jusqu’au jour où apparaissent les Pokémon légendaires Yveltal et Xerneas, venant bouleverser le quotidien des jeunes gens. Qui sont ces étranges personnes malveillantes vêtues de rouge ? Qu’est-ce que la Méga-Évolution ? Ce sera à nos cinq amis de le découvrir dans cette nouvelle grande aventure palpitante !!
X et ses amis sont enfin arrivés à Illumis, la capitale de Kalos! Malgré leur situation périlleuse où l'on ne sait à qui se fier, ils parviennent au Laboratoire du Professeur Platane mais une surprise les y attend. L'heure de lever les secrets de la Méga-Evolution serait-elle enfin venue ?