Les aventures de deux dresseurs talentueux dans la région d'Unys ! Noir est un garçon un peu étrange qui ne rêve que d'une chose : battre la Ligue Pokémon et devenir le nouveau champion des Dresseurs.
Avec ses Pokémon Munna, Gueriaigle et Gruikui, il part réaliser son rêve lorsqu'il rencontre Blanche, une jeune fille dont le métier est agent pour les Pokémon stars.
Alors qu'il se prépare à affronter son 5e Champion d'Arène en la personne de Carolina, Noir découvre que tous les champions se sont réunis pour contrer la Team Plasma qui va lancer une attaque chez Aloé pour récupérer le mystérieux galet noir qui renferme Zekrom !