Le métier de "Magical girl" consiste à débarrasser le monde des "monstres", classés parmi les phénomènes naturels. Fraîchement diplômée, Kana Sakuragi peine à trouver un emploi quand elle fait la rencontre de l'employée d'une start-up de magical girl au cours d'un entretien d'embauche. Pour Kana, c'est la porte d'entrée vers le monde du travail et le début des aventures comme magical girl !
Magilumière espère faire adopter le « système Alice » à l’échelle mondiale. Afin de prouver son efficacité, Kana et Koshigaya se rendent au Centre National de la Recherche Magique, avec pour mission d’éliminer un monstre d’un nouveau type. Mais le père de Koshigaya, le Secrétaire général du Bureau de l’énergie magique, ainsi que Tsutsumi, professeur d’université, tous deux membres de la Fédération de magie se rendent sur place également. Tsutsumi, désireux de contrecarrer les projets de Magilumière, fait appel à la société concurrente AST.